hola!

Como puedo hacer para que un alert solo se muestre durante x segundos y vuelva a la pagina principal, sin necesidad de dar enter o aceptar???

saludos!

Saludos, cerrar un alert no es posible, se necesita el enter del usuario.

En el mensaje pasado te recomende usar plugins para ese fin.  Que muestra un diálogo y se le coloca un timeout para que se cierre automaticamente.

Por otro lado colocarle timeout a un alert tradicional no es posible.

Te recomiendo   que utilices algún pluging de javascript para ese fin, como

http://plugins.jquery.com/project/modaldialog

$.modaldialog.success('Autoclosing in 5 seconds.', {
  timeout: 5
  , showClose: false
  });

http://tautologistics.com/projects/jquery.modaldialog/doc/1.0.0/

Puedes usa Ajax con el ModalPopup

http://www.asp.net/AJAX/AjaxControlToolkit/Samples/ModalPopup/ModalPopup.aspx 

Saludos.